改行コードには2タイプあり「CR(キャリッジリターン)+LF(ラインフィード)」のタイプと「LF」のみのタイプがあります。
Windowsのメモ帳で作成したテキストは、「CR+LF」のタイプになります。
「LF」のみのタイプのファイルをメモ帳で開くと以下のようになってしまいますが、CRが無いためにこのような表示になっているだけであり、改行の情報が失われているわけではないので開き方を工夫すれば正しく改行されます。
正しく表示されるようにするサンプルを作成しました。
Windowsのメモ帳で作成したテキストは、「CR+LF」のタイプになります。
「LF」のみのタイプのファイルをメモ帳で開くと以下のようになってしまいますが、CRが無いためにこのような表示になっているだけであり、改行の情報が失われているわけではないので開き方を工夫すれば正しく改行されます。
正しく表示されるようにするサンプルを作成しました。
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↑のテキストを選択、コピーして、この記事のサンプルを実行したものに貼りつけると以下のようになります。

ソース
サンプル
本当はテキストにCRが含まれているか判別して、含まれているならLFのみに変換、含まれていないならCR+LFに変換する、というプログラムを公開するつもりでしたが、試してみたらテキストエリアに貼りつけるだけで改行が正しく表示されたので……。これを記事にするのは微妙かと思いましたが、記事にしないと忘れそうなのでしました。

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